产品简介PRODUCT introduction

单细胞转录组扩增测序

单细胞转录组扩增测序

单细胞RNA-Seq通过对单个细胞的mRNA进行逆转录和PCR扩增,使用高通量测序手段,对单细胞中mRNA进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统RNA定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具,极大地拓展了RNA-Seq的应用范围。 

询价


技术优势Technical advantages


全长转录组:转录本扩增完整,包含UTR及UTR上下游区域,能进行全长转录组测序

添加UMI:添加了UMI标签,可进行基因表达的绝对定量

灵敏度高:基因检出率高,可对低丰度表达的基因进行分析

起始量低:已分离的单细胞或微量RNA(10pg total RNA)

极高效率:微量mRNA逆转录与扩增后可获得2-50ng高质量全长cDNA

操作简单:单管操作,3步完成,实验流程仅需5-6小时即可



技术参数Technical parameters

样品要求:1-2000个哺乳动物细胞(已分离),或其他无细胞壁结构的真核细胞;10 pg-20 ng纯化后的总RNA;不适用于原核细胞;不适用于固定后的细胞。 样品需求量(单次):使用MALBAC®进行微量扩增,样品建议为单细胞或总量≥10pg,最低起始量≥0.5pg


测序策略Sequencing strategy

PE151

推荐数据量

6G clean data以上

项目执行周期Project implementation cycle

每个样品数据量6G以下,样品量小于10个,标准流程的执行周期约为40 个工作日

样品个数>10个,项目的执行周期需根据项目的规模而定

项目合格指标Project indicators qualified

产生不低于合同规定的clean data

技术流程Technical process

单细胞裂解-MALBAC® RNA扩增-文库构建-高通量测序-数据处理-生物信息分析

信息分析Information analysis

标准信息分析

1.原始数据过滤:对原始数据去除接头序列、污染序列及低质量reads  2.数据质量评估:对过滤前后的测序数据进行质量评估  3.参考基因组比对分析:将过滤后数据map到参考基因组上  4.RNA-Seq质量评估:评估测序的饱和度、覆盖度等

高级信息分析

1.有参转录本组装:根据比对结果将转录本组装起来  2.转录本/基因表达分析:根据比对结果,计算转录本/基因的表达量  3.差异表达分析:通过假设检验,计算两两组间转录本/基因的差异表达的显著性  4.差异基因聚类分析:通过聚类分析,绘制差异基因的聚类热图  5.差异基因富集分析:将差异表达的基因进行GO和KEGG Pathway富集分析  6.SNP分析:基于转录组数据分析其中的SNP和InDel  7.SSR分析:分析转录本序列上的SSR  8.新转录本分析:新的转录本  9.差异可变剪接分析:分析两组间差异的可变剪接事件  10.共表达网络分析:基于表达相关性,绘制差异基因共表达网络图  11.蛋白互作网络分析:映射数据库中的蛋白互作关系,绘制差异基因蛋白互作网络

项目流程Project process

13

相关产品服务Related products and services

技术服务

参考文献reference literature

搜索中心

×